Archives de catégorie : Formation

Sur la détection de communautés en général et avec R en particulier

C’est devenu un rituel : j’assiste à une présentation d’analyste de réseaux, la personne présente un graphe touffu (pléonasme) avec plein de couleurs (et souvent des liens courbes) et explique que les couleurs représentent “les communautés détectées dans le graphe”. La présentation terminée, je lève la main et, si on me donne la parole, je signale que “les communautés dans le graphe”, ça ne veut rien dire… Petit point d’explication ci-dessous. Il s’agit d’un billet d’humeur individuel qui ne saurait représenter “le point de vue officiel du gdr sur le sujet ” (le gdr n’a de toute façon pas de point de vue officiel).

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Initiation à l’analyse de réseaux (Rennes, 15-16 octobre 2019)

Le groupement de recherche Analyse de réseaux en SHS, en collaboration avec le groupe Réseaux et Histoire, propose deux journées d’initiation à l’analyse de réseaux à Rennes les 15 et 16 octobre 2019. Cette formation gratuite sera suivie des cinquièmes rencontres Réseaux et Histoire. Tous les détails ci-dessous.

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Initiation à l’analyse de réseaux en shs, Nice (1-6 juillet 2019)

École organisée par le groupement de recherche Analyse de réseaux en SHS avec le soutien du Centre de la Méditerranée Moderne et Contemporaine.

Public
Cette école s’adresse à toute personne engagée dans une démarche de recherche et souhaitant être formée à l’analyse de réseaux, quelle que soit sa discipline et son statut (étudiant.e, doctorant.e, ingénieur.e, chercheur.se ou enseignant.e-chercheur.se). Continuer la lecture de Initiation à l’analyse de réseaux en shs, Nice (1-6 juillet 2019)

Le logiciel Visone à l’essai

Ce qui suit n’engage évidemment que son auteur et non l’ensemble des membres du groupement de recherche…

Lorsqu’on fait régulièrement de l’analyse de réseaux, il est rare qu’on utilise un logiciel presse-boutons. On fait du R, du Python, on code en C, que sais-je encore. Lorsqu’on fait des formations d’initiation à l’analyse de réseaux à des étudiant.e.s de SHS, il est commode d’avoir un logiciel à interface graphique correct sous la main. Correct signifie a minima multi-plateforme et gratuit – ce qui disqualifie Ucinet (Windows et payant), Pajek (Windows) ou NodeXL (module pour Excel 2007 et plus). J’avais testé – sans être convaincu – Visone en 2012, petit tour d’horizon de la version 2.17 sortie en février 2017.

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École thématique Réseaux et complexité (Cargèse, 2018)

Vous trouverez ici le programme détaillé et, en format pdf, les diaporamas des conférences et les supports des ateliers de l’école thématique Réseaux et complexité (Cargèse, 24 au 28 septembre 2018). Vous pouvez également consulter le blog de notre ami Olivier Charbonneau pour des notes prises sur le vif.

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Analyse des réseaux et applications : approche interdisciplinaire (Marseille, 2018-2019)

Nos collègues Claire Bidart et Pierre Livet poursuivent leur passionnant séminaire doctoral interdisciplinaire cette année encore. Le programme est disponible ci-dessous et en téléchargement en .pdf.
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Cytoscape et R : nouvelles ressources en ligne

A la toute récente école thématique Réseaux et complexité (Cargèse, 24-28 septembre 2018), deux ateliers ont permis aux participant.e.s de se former à différents logiciels. Guillaume Brysbaert  et Sébastien Plutniak ont saisi l’opportunité pour rédiger des tutoriaux complets et accessibles consacrés respectivement à Cytoscape et à R, tutoriaux que vous pouvez télécharger ci-dessous.

Guillaume Brysbaert : Initiation à Cytoscape (Lille, décembre 2017 et Cargèse, septembre 2018)

Sébastien Plutniak : Analyse de graphe avec R

Les deux tutoriaux rédigés pour Cargèse s’appuient sur le même jeu de données, le fameux Zachary karate club téléchargeable ici.

En direct de l’école thématique de Cargèse

Le GDR organise actuellement en Corse une école thématique sur le thème “Analyse de réseaux et complexité”. Vous retrouverez dans les prochaines semaines sur ce carnet des liens vers les supports de formation. En attendant, vous pouvez suivre en direct les notes du dynamique participant Olivier Charbonneau.

Les liens vers les notes des jours suivant sont dans les “pings” ci-dessous ! (Merci Olivier)

École thématique Analyse de réseaux et complexité, Cargèse (Corse), 24-28 septembre 2018

Mise à jour d’octobre : programme détaillé et diaporamas des conférences sont disponibles sur ce carnet à l’adresse https://arshs.hypotheses.org/699.

L’objectif de l’école thématique est de participer à la formation de chercheur.se.s, doctorant.e.s et ingénieur.e.s de disciplines variées souhaitant se former à l’analyse de réseaux, domaine de recherche en pleine évolution. (télécharger la version .pdf)

Cette école est pluridisciplinaire, avec un centrage sur les sciences sociales (sociologie, géographie, histoire…) et une ouverture spécifique sur d’autres disciplines (informatique, statistique, géomatique…), dans le but de favoriser échanges et discussions entre les disciplines abordant cette thématique de recherche.

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Analyse de réseaux en archéologie, géographie et histoire, Rennes – 3 octobre 2017

Nos collègues rennaises Karine Karila-Cohen et Isabelle Rosé organisent une journée d’études intitulée L’analyse de réseaux en Archéologie , géographie et Histoire : quelles entités pour quelles enquêtes ? le 3 octobre à Rennes. Si les étudiant.e.s de M2 sont prioritaires, il est néanmoins possible d’assister à la journée.

Programme

Salle S 203
10h45-12h30 : Introduction à l’analyse de réseaux (Karine KARILA-COHEN)

Amphi E3
14h-15h : Réseaux et histoire (Karine KARILA-COHEN & Isabelle ROSÉ)
15h-16h : Réseaux et géographie (Laurent BEAUGUITTE)
16h15-17h15 : Réseaux et archéologie (Magali WATTEAUX)

Affiche et plan d’accès

École initiation à l’analyse de réseaux, été 2017, supports de cours

Ce billet permet de récupérer l’ensemble des supports des différent.e.s intervenant.e.s de l’école d’été organisée par le GDR Analyse de réseaux en SHS et le groupe Res-Hist (Réseaux et histoire) à Nice du 3 au 8 juillet 2017.

Bibliographies conseillés par les intervenant.e.s

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Initiation à l’analyse de réseaux – 3 au 8 juillet 2017, Nice

Ce billet, qui sera complété et enrichi dans les semaines à venir, donne le programme détaillé de l’école d’été organisé par le GDR Analyse de réseaux en SHS et le groupe Res-Hist (Réseaux et histoire) et des pistes bibliographiques.

Les cours et ateliers ont lieu en salle informatique. Il est cependant recommandé d’apporter un ordinateur portable sur lequel vous avez téléchargé et installé les logiciels suivants : R, RStudio, Cytoscape et un éditeur de texte correct (NotePad++ pour Windows, Geany pour Linux, etc.). Des codes personnels vous permettront de vous connecter à internet pour l’installation des packages R utiles (igraph, statnet, bipartite, tm).

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Katherine Ognyanova, Visualisation dynamique de réseaux avec R

Le tutoriel de Katya Ognyanova consacré à la visualisation de réseaux avec R, disponible en ligne à cette adresse, est le meilleur que je connaisse. Il m’est donc paru utile de le traduire. Une première partie concernait les visualisations statiques.

Cette seconde partie (pdf, 4 Mo) est consacrée aux visualisations dynamiques et interactives.

Les jeux de données et le script sont téléchargeables ici.

Katherine Ognyanova – Visualisation de réseaux avec R

Il arrive que l’on tombe sur des tutoriels d’exception : celui consacré à la visualisation de réseaux avec R, signé Katherine Ognyanova et disponible à l’adresse www.kateto.net, en fait partie.

Intervenant souvent auprès de publics débutants, peu familiers de l’analyse de réseaux et parfois peu armés au niveau logiciel, il m’a semblé utile de faire tomber la barrière de la langue en traduisant ce tutoriel (44 p., pdf, 3.4 Mo). La partie 6 consacrée à la visualisation dynamique est en cours de traduction.

Les jeux de données et le script sont téléchargeables ici.

Ce tutoriel vous apprendra entre autres à importer vos données, les visualiser sous forme de réseau, mettre en évidence les communautés, un chemin entre deux sommets, les voisins d’un sommet etc. etc.

Bonne lecture, bons exercices et n’hésitez surtout pas à faire part de vos remarques.

Bien débuter avec Gephi 0.9.1

Introduction

GePhi est un logiciel gratuit de visualisation des données. C’est une application multi-plateforme disponible sous Windows, Mac OS X et Linux. Développé en Java, il a pour but d’aider les analystes à visualiser intuitivement leurs données et isoler des singularités dans la structure de ces dernières. Il ne se présente pas comme un “stand alone” mais comme un complément à la statistique exploratoire des logiciels classiques d’analyse et de traitement de données.

Les performances de visualisation dépendent directement de la taille du graphe. Aucune condition matérielle minimale n’est requise (https://gephi.org/users/requirements/).

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