La deuxième édition de l’école Initiation à l’analyse de réseaux en SHS est désormais terminée. Les liens ci-dessous permettent de récupérer l’ensemble des supports utilisés (cours, ateliers, bibliographie). Un grand merci à l’ensemble des intervenant.e.s et participant.e.s, au personnel du CROUS et du campus Carlone. Un très grand-merci à Pierre-Yves Beaurepaire et un immense merci à Silvia Marzagalli.
Continuer la lecture de Initiation a l’analyse de réseaux – nice 2019 – supportsArchives par mot-clé : R
Sur la détection de communautés en général et avec R en particulier
C’est devenu un rituel : j’assiste à une présentation d’analyste de réseaux, la personne présente un graphe touffu (pléonasme) avec plein de couleurs (et souvent des liens courbes) et explique que les couleurs représentent “les communautés détectées dans le graphe”. La présentation terminée, je lève la main et, si on me donne la parole, je signale que “les communautés dans le graphe”, ça ne veut rien dire… Petit point d’explication ci-dessous. Il s’agit d’un billet d’humeur individuel qui ne saurait représenter “le point de vue officiel du gdr sur le sujet ” (le gdr n’a de toute façon pas de point de vue officiel).
Continuer la lecture de Sur la détection de communautés en général et avec R en particulier
Cytoscape et R : nouvelles ressources en ligne
A la toute récente école thématique Réseaux et complexité (Cargèse, 24-28 septembre 2018), deux ateliers ont permis aux participant.e.s de se former à différents logiciels. Guillaume Brysbaert et Sébastien Plutniak ont saisi l’opportunité pour rédiger des tutoriaux complets et accessibles consacrés respectivement à Cytoscape et à R, tutoriaux que vous pouvez télécharger ci-dessous.
Guillaume Brysbaert : Initiation à Cytoscape (Lille, décembre 2017 et Cargèse, septembre 2018)
Sébastien Plutniak : Analyse de graphe avec R
Les deux tutoriaux rédigés pour Cargèse s’appuient sur le même jeu de données, le fameux Zachary karate club téléchargeable ici.
Katherine Ognyanova, Visualisation dynamique de réseaux avec R
Le tutoriel de Katya Ognyanova consacré à la visualisation de réseaux avec R, disponible en ligne à cette adresse, est le meilleur que je connaisse. Il m’est donc paru utile de le traduire. Une première partie concernait les visualisations statiques.
Cette seconde partie (pdf, 4 Mo) est consacrée aux visualisations dynamiques et interactives.
Les jeux de données et le script sont téléchargeables ici.
Katherine Ognyanova – Visualisation de réseaux avec R
Il arrive que l’on tombe sur des tutoriels d’exception : celui consacré à la visualisation de réseaux avec R, signé Katherine Ognyanova et disponible à l’adresse www.kateto.net, en fait partie.
Intervenant souvent auprès de publics débutants, peu familiers de l’analyse de réseaux et parfois peu armés au niveau logiciel, il m’a semblé utile de faire tomber la barrière de la langue en traduisant ce tutoriel (44 p., pdf, 3.4 Mo). La partie 6 consacrée à la visualisation dynamique est en cours de traduction.
Les jeux de données et le script sont téléchargeables ici.
Ce tutoriel vous apprendra entre autres à importer vos données, les visualiser sous forme de réseau, mettre en évidence les communautés, un chemin entre deux sommets, les voisins d’un sommet etc. etc.
Bonne lecture, bons exercices et n’hésitez surtout pas à faire part de vos remarques.
Tutoriel package R “bipartite”
Le logiciel R est un logiciel qui permet la mise en œuvre informatique de traitements statistiques. De nombreuses techniques sont implémentées et utilisables à l’aide de packages. L’objet de ce billet est de présenter le package bipartite.
Ce package permet de visualiser un réseau biparti et de calculer les séries d’indices couramment utilisés dans l’analyse descriptive de réseaux, principalement en écologie. La visualisation est primordiale pour comprendre le réseau, les indices quant à eux permettent de résumer les différents aspects topologiques du réseau.