Archives par mot-clé : Tutoriel

Formation

Cytoscape et R : nouvelles ressources en ligne

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A la toute récente école thématique Réseaux et complexité (Cargèse, 24-28 septembre 2018), deux ateliers ont permis aux participant.e.s de se former à différents logiciels. Guillaume Brysbaert  et Sébastien Plutniak ont saisi l’opportunité pour rédiger des tutoriaux complets et accessibles consacrés respectivement à Cytoscape et à R, tutoriaux que vous pouvez télécharger ci-dessous.

Guillaume Brysbaert : Initiation à Cytoscape (Lille, décembre 2017 et Cargèse, septembre 2018)

Sébastien Plutniak : Analyse de graphe avec R

Les deux tutoriaux rédigés pour Cargèse s’appuient sur le même jeu de données, le fameux Zachary karate club téléchargeable ici.

Formation, Niveau avancé

Katherine Ognyanova, Visualisation dynamique de réseaux avec R

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Le tutoriel de Katya Ognyanova consacré à la visualisation de réseaux avec R, disponible en ligne à cette adresse, est le meilleur que je connaisse. Il m’est donc paru utile de le traduire. Une première partie concernait les visualisations statiques.

Cette seconde partie (pdf, 4 Mo) est consacrée aux visualisations dynamiques et interactives.

Les jeux de données et le script sont téléchargeables ici.

Formation, Niveau avancé

Katherine Ognyanova – Visualisation de réseaux avec R

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Il arrive que l’on tombe sur des tutoriels d’exception : celui consacré à la visualisation de réseaux avec R, signé Katherine Ognyanova et disponible à l’adresse www.kateto.net, en fait partie.

Intervenant souvent auprès de publics débutants, peu familiers de l’analyse de réseaux et parfois peu armés au niveau logiciel, il m’a semblé utile de faire tomber la barrière de la langue en traduisant ce tutoriel (44 p., pdf, 3.4 Mo). La partie 6 consacrée à la visualisation dynamique est en cours de traduction.

Les jeux de données et le script sont téléchargeables ici.

Ce tutoriel vous apprendra entre autres à importer vos données, les visualiser sous forme de réseau, mettre en évidence les communautés, un chemin entre deux sommets, les voisins d’un sommet etc. etc.

Bonne lecture, bons exercices et n’hésitez surtout pas à faire part de vos remarques.

Formation

Bien débuter avec Gephi 0.9.1

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Introduction

GePhi est un logiciel gratuit de visualisation des données. C’est une application multi-plateforme disponible sous Windows, Mac OS X et Linux. Développé en Java, il a pour but d’aider les analystes à visualiser intuitivement leurs données et isoler des singularités dans la structure de ces dernières. Il ne se présente pas comme un “stand alone” mais comme un complément à la statistique exploratoire des logiciels classiques d’analyse et de traitement de données.

Les performances de visualisation dépendent directement de la taille du graphe. Aucune condition matérielle minimale n’est requise (https://gephi.org/users/requirements/).

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Formation

Tutoriel package R “bipartite”

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Le logiciel R est un logiciel qui permet la mise en œuvre informatique de traitements statistiques. De nombreuses techniques sont implémentées  et utilisables à l’aide de packages. L’objet de ce billet est de présenter le package bipartite.

Ce package permet de visualiser un réseau biparti et de calculer les séries d’indices couramment utilisés dans l’analyse descriptive de réseaux, principalement en écologie. La visualisation est primordiale pour comprendre le réseau, les indices quant à eux permettent de résumer les différents aspects topologiques du réseau.

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Formation, Niveau débutant

Palladio : L’exploration de données à la portée de tous

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Le but de ce billet est de présenter les possibilités qu’offrent l’application web Palladio développée à l’université de Stanford.
Cet outil, permet de visualiser des données sous la forme d’une carte, d’un graphe ou d’un tableau.

Dans quels cas l’utiliser ?

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Formation

Débuter avec Cytoscape 3.4.0

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Bonjour, nous sommes deux étudiants en dernière année d’école d’ingénieur. Dans ce billet nous allons présenter le logiciel d’analyse de réseau gratuit Cytoscape, ses fonctionnalités et comment le prendre rapidement en main.

Qu’est ce que c’est:
Cytoscape est un logiciel open source qui permet l’analyse de réseaux complexes et leurs visualisations. Il est basé sur une API (interface de programmation) en Java.

Pour quels systèmes d’exploitation ?
Pour les plateformes Linux, Windows et Mac OS X.

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