Katherine Ognyanova, Visualisation dynamique de réseaux avec R

Le tutoriel de Katya Ognyanova consacré à la visualisation de réseaux avec R, disponible en ligne à cette adresse, est le meilleur que je connaisse. Il m’est donc paru utile de le traduire. Une première partie concernait les visualisations statiques.

Cette seconde partie (pdf, 4 Mo) est consacrée aux visualisations dynamiques et interactives.

Les jeux de données et le script sont téléchargeables ici.

Katherine Ognyanova – Visualisation de réseaux avec R

Il arrive que l’on tombe sur des tutoriels d’exception : celui consacré à la visualisation de réseaux avec R, signé Katherine Ognyanova et disponible à l’adresse www.kateto.net, en fait partie.

Intervenant souvent auprès de publics débutants, peu familiers de l’analyse de réseaux et parfois peu armés au niveau logiciel, il m’a semblé utile de faire tomber la barrière de la langue en traduisant ce tutoriel (44 p., pdf, 3.4 Mo). La partie 6 consacrée à la visualisation dynamique est en cours de traduction.

Les jeux de données et le script sont téléchargeables ici.

Ce tutoriel vous apprendra entre autres à importer vos données, les visualiser sous forme de réseau, mettre en évidence les communautés, un chemin entre deux sommets, les voisins d’un sommet etc. etc.

Bonne lecture, bons exercices et n’hésitez surtout pas à faire part de vos remarques.

Bien débuter avec Gephi 0.9.1

Introduction

GePhi est un logiciel gratuit de visualisation des données. C’est une application multi-plateforme disponible sous Windows, Mac OS X et Linux. Développé en Java, il a pour but d’aider les analystes à visualiser intuitivement leurs données et isoler des singularités dans la structure de ces dernières. Il ne se présente pas comme un « stand alone » mais comme un complément à la statistique exploratoire des logiciels classiques d’analyse et de traitement de données.

Les performances de visualisation dépendent directement de la taille du graphe. Aucune condition matérielle minimale n’est requise (https://gephi.org/users/requirements/).

Continuer la lecture de Bien débuter avec Gephi 0.9.1

Tutoriel package R « bipartite »

Le logiciel R est un logiciel qui permet la mise en œuvre informatique de traitements statistiques. De nombreuses techniques sont implémentées  et utilisables à l’aide de packages. L’objet de ce billet est de présenter le package bipartite.

Ce package permet de visualiser un réseau biparti et de calculer les séries d’indice couramment utilisés dans l’analyse descriptive de réseaux, principalement en écologie. La visualisation est primordiale pour comprendre le réseau, les indices quant à eux permettent de résumer les différents aspects topologiques du réseau.

Continuer la lecture de Tutoriel package R « bipartite »

Palladio : L’exploration de données à la portée de tous

Le but de ce billet est de présenter les possibilités qu’offrent l’application web Palladio développée à l’université de Stanford.
Cet outil, permet de visualiser des données sous la forme d’une carte, d’un graphe ou d’un tableau.

Dans quels cas l’utiliser ?

Continuer la lecture de Palladio : L’exploration de données à la portée de tous

Débuter avec Cytoscape 3.4.0

Bonjour, nous sommes deux étudiants en dernière année d’école d’ingénieur. Dans ce billet nous allons présenter le logiciel d’analyse de réseau gratuit Cytoscape, ses fonctionnalités et comment le prendre rapidement en main.

Qu’est ce que c’est:
Cytoscape est un logiciel open source qui permet l’analyse de réseaux complexes et leurs visualisations. Il est basé sur une API (interface de programmation) en Java.

Pour quels systèmes d’exploitation ?
Pour les plateformes Linux, Windows et Mac OS X.

Continuer la lecture de Débuter avec Cytoscape 3.4.0

École d’été Initiation à l’analyse de réseaux – Nice, 3 au 8 juillet 2017

Le groupement de recherche Analyse de réseaux en SHS et le groupe Res-Hist, avec l’aide de la MSH du Sud-Est, organisent une école d’été Initiation à l’analyse de réseaux du 3 au 8 juillet 2017. Les objectifs de la formation, le public visé, le programme provisoire et les modalités de sélection sont disponibles dans le fichier téléchargeable ci-dessous et en ligne sur Calenda. N’hésitez pas à faire circuler l’information dans vos réseaux. Attention, le nombre de places est limité à 20.

2017ecolegdr_reshist

Workshop 2017 – appel à propositions

Vous souhaitez organiser une journée d’étude consacrée à l’analyse de réseaux ? Le Groupement de recherche Analyse de réseaux en SHS (GDR3771) peut vous financer à hauteur de 1000 euros.
Pour pouvoir être financé, le workshop doit remplir les conditions suivantes :
– porter sur un thème ou un concept en analyse de réseaux ;
– être pluri-disciplinaire ;
– accueillir au moins une personne du groupement de recherche dans son comité scientifique (liste disponible ici).
Un document écrit devra être produit et rendu disponible en accès libre (sous forme de résumés longs, compte rendu, actes, etc.). Pour un exemple, voir les billets concernant le workshop organisé en octobre 2016 sur le thème Réseaux et centralité(s) (https://arshs.hypotheses.org/97 et https://arshs.hypotheses.org/152).
Les propositions de workshop sont attendues pour le 28 février 2017 (à envoyer à l’adresse gdr.arshs@gmail.com). Une réponse du GDR sera donnée fin mars 2017. En une page maximum, elles doivent indiquer le thème prévu, la composition du comité scientifique, les intervenant.e.s pressenti.e.s et un budget prévisionnel.
Les propositions seront évaluées par les membres du bureau du GDR (L. Beauguitte, P.-Y. Beaurepaire, F. Eloire, B. Jouve, C. Lemercier, S. Lhomme, B. Milard, I. Rosé).

Analyse des réseaux sociaux, spatiaux et complexes – ENSAI, Rennes, saison 3

Pour la troisième année consécutive, je donne à l’ENSAI de Rennes 18 heures de cours et 9 heures de TD sur l’analyse de réseaux. Et comme je déteste me répéter, j’ai décidé cette année de modifier toute la structure de cours ainsi que les modalités d’évaluation. Il s’agit d’un cours d’initiation ayant pour ambition d’être le plus ouvert possible au niveau disciplinaire, tout n’est donc pas traité et approfondi.

Pour les curieuses et curieux, les versions précédentes de ce cours sont en ligne ici.

Continuer la lecture de Analyse des réseaux sociaux, spatiaux et complexes – ENSAI, Rennes, saison 3

Réseaux et centralité(s), résumés des interventions

Vous pouvez télécharger ici les résumés longs des présentations faites au premier workshop du GDR à Rouen le 11 octobre 2016. Il s’agit d’une version provisoire dans la mesure où il manque le texte d’un intervenant.

Sommaire

Laurent Beauguitte, Emmanuel Lazega et Rémi Louf, Approches disciplinaires : invariants et spécificités, p. 4
Claire Lagesse, Les centralités des villes révélées par leurs réseaux viaires, p. 22
Viera Rebolledo-Dhuin, Centralités dans le monde du livre au XIX siècle, p. 28
Marta Severo, Réseaux numériques et centralités, p. 33

Groupe fmr (flux, matrices, réseaux) – rentrée 2016

Le groupe fmr (flux, matrices, réseaux), groupe de géographes intéressé.e.s par les méthodes et outils de l’analyse de réseau(x), a été actif de 2010 à 2015.

Ont notamment été organisés :
– un séminaire mensuel théorique et méthodologique incluant la production de documents de synthèse sur des concepts, méthodes et outils de l’analyse des réseaux (voir la collection fmr sur Hal https://halshs.archives-ouvertes.fr/FMR) ;
– des séances de manipulation de données de réseaux avec des outils dédiés ;
– trois journées d’étude thématiques (2012, 2013, 2014) ;
– des sessions spéciales organisées lors de colloques internationaux (par exemple les sessions Networking the world I et II adossées aux colloques européens de géographie quantitative ECTQG) ;
– la publication d’articles de fonds dédiés aux méthodes de l’analyse de réseaux ;
– la réalisation de travaux collectifs, publiés ou non ;
– la publication d’une sélection d’articles, formant un dossier de revue.

Continuer la lecture de Groupe fmr (flux, matrices, réseaux) – rentrée 2016

Thèses à venir automne 2016

N’hésitez pas à envoyer des dates de soutenance (laurent<dot>beauguitte<at>cnrs<dot>fr), le billet sera actualisé au fur et à mesure de la réception des informations.

Tiphaine Viard, Flots de liens pour la modélisation des interactions temporelles et application à l’analyse de trafic IP, Mercredi 28 septembre à 14h, campus de Jussieu, en salle 26-00 105, barre 55-65.
Le manuscrit est disponible : http://tiphaineviard.com/uploads/PhD_Thesis_Tiphaine_Viard.pdf

Continuer la lecture de Thèses à venir automne 2016

Analyse de réseaux à l’automne 2016

Les séminaires réguliers type Complex networks (Paris 6) ou Réseaux et régulations (CSO SciencesPo Paris) ne sont pas répertoriés ici. Seuls les événements français sont mentionnés. Cette liste commentée ne prétend pas être exhaustive, n’hésitez surtout pas à compléter via les commentaires – le billet sera actualisé au fur et à mesure.

Nice, 22 au 24 septembre : quatrième rencontre Réseaux et histoire. Les textes des interventant.e.s sont (presque tous) disponibles en ligne sur le site http://reshist.hypotheses.org. Le GDR finance un doctorant, il y aura donc un compte-rendu sur ce site d’ici quelques mois.

Rouen, 11 octobre : premier workshop du GDR sur le thème Réseaux et centralité(s). Le programme est en ligne depuis quelques semaines, les résumés longs des interventions seront disponibles mi-septembre, si les auteur.e.s respectent les délais évidemment.

Continuer la lecture de Analyse de réseaux à l’automne 2016

Complex Networks 2016 – compte rendu de Maxime Lenormand

Le compte-rendu peut également être téléchargé au format .pdf.

La conférence Complex Networks: from theory to interdisciplinary applications s’est tenue du 11 au 13 juillet 2016 à Marseille, et j’y étais ! Cet événement a été organisé en marge de la 26ème conférence internationale en Physique Statistique hébergée cette année à Lyon. Durant 3 jours, des chercheurs de tous bords se sont réunis au palais du Pharo pour échanger autour de la théorie des réseaux et de son application en épidémiologie, sociologie, économie, biologie, neuroscience et éthologie.

Le format de ce type de conférence est vraiment appréciable, avec un nombre raisonnable de participants, deux sessions plénières par jour avec trois intervenants invités ainsi que deux sessions parallèles portant sur des applications différentes avec un total de 64 présentations et 39 posters.

Continuer la lecture de Complex Networks 2016 – compte rendu de Maxime Lenormand